1) Benzetmenin geçerli olabilmesi için benzetilecek iki durumun da benzetme yönünden uyumlu olduğunu bilmemiz gerekiyor. Örneğin "bulut, pamuk gibi." derken bulutun görüntüsünü biliyoruz, pamuğun da. Bunlar zaten insanın yaptığını bildiğimiz bir durumdan bilmediğimiz bir duruma çıkarım yapmak, aynı durumun evren için de olduğunu söylemek hatalı bir yaklaşım olur.
2) Pilot kalemi yapan varsa bizi de yapan vardır demek çıkmaza sokar. Tasarım yapan kişinin (insanın) tasarımcısı vardır dersek Tanrı da bir tasarımcı yani onu da tasarlayan biri vardır demek. Ama Tanrı'nın yaratıcısı olmadığını söylüyorlar, o yüzden bu örneği kullanmak onların aleyhlerine oluyor.
3) Pilot kalem insan eliyle üretilmek zorunda, çünkü organik kimyasallardan değil, inorganik kimyasallardan oluşuyor. Biliyoruz ki bu iki unsurun kimyasal tepkime çeşitliliği çok farklı. Elbette, inorganik kimyasallar belirli şartlarda öncelikle kimyasal bir evrimden geçip organik kimyasallara dönüşebiliyorlar. Dünya üzerinde yaşam bu şekilde başladı! Ancak bu, her an her yerde olan bir olay değil; doğal ve çevresel şartlara bağlı olan bir olay. Dolayısıyla, inorganik kimyasallar öncelikle organik kimyasallara evrimleşmemişlerse (ki pilot kalem örneğinde bu mümkün değil), onların davrandığı gibi davranmıyorlar. Bu da pilot kalem (ya da herhangi bir diğer fiziksel insan icadının: fabrikalar, uçaklar, iğneler, kaşıklar, çamaşır makinaları ve arabalar...) biyolojik olarak evrimleşmesini mümkün kılmıyor. Ayrıca ne genetik materyali var ne de üreyebiliyor.
4) Bu benzetmenin evren için de doğru olup olmadığını kontrol edebiliriz benzer bir mantık ile. Büyük Patlama'ya kadar gittik. Büyük Patlama'nın Tanrı tarafından yapıldığını biliyor muyuz? Hayır. Sadece Tanrı mı çıkıyor, hayır. Büyük Patlama'nın kaynağının ezeli ve ebedi maddesel formun parçası olduğu söylenebilir. Bu iki sorunun cevabı da hayır olduğu için bu benzetme geçerli değildir.